من الوسط العلمائي، وكانوا إذا أرادوا أن يمسكوا كتاب (المنظومة) يستعينون بخرقة لئلاّ يتنجّسوا، أو أنّهم يعتبرون الشخص الذي يدرّس الفلسفة عديم الدين ، حتّى أنّ البعض كان يتّهمه بأنّه لا يصلّي. وفي هذا المجال يقول نجله السيّد أحمد : «أعتقد أنّ نضال الإمام ضدّ المتظاهرين بالقداسة داخل الحوزة كان أصعب بكثيرٍ من نضاله في ساحة الصراع السياسي». وبيانات ورسائل الإمام الخميني تشتمل على الكثير من الانتقادت التي يوجّهها إلى الحوزة والحوزيّين، ولعلّ آخرها وأشدّها ما يُعرف بالفارسيّة بـ(منشور روحانيت)، وهو عبارة عن ندائه إلى الحوزات العلميّة الذي وجّهه بتاريخ 22/2/1989م قبيل أشهرٍ من وفاته، والذي أثار في حينه ـ على ما سمعته من بعض معاصري الأحداث ـ بلبلة في الوسط الحوزي " اهـ .[19]

﴿ القتل من اجل السدانة ﴾

قال السيد محمد حسن ال طالقاني : " وقد نقل السيد محمد حسن مصطفى الكليدار قول صاحب " مناهل الضرب في انساب العرب " المخطوط بشأن تولية السدانة وهذا نصه : عندما توفي المرزا حسن كمونة حدث نزاع عائلي بين كل من الشيخ محمد بن المرزا حسن , والحاج محسن بن الحاج مهدي كمونة بسبب تهالكهم على تولية السدانة , وكان اهالي كربلاء آنذاك منشقين الى قسمين قسم ينبذ ال كمونة وهم الاكثرية ويتزعمهم المرحوم السيد احمد السيد كاظم الرشتي وينضم اليه جميع طبقات كربلاء من الوجوه .