- إثبات إمامة بقية الأئمة كالرضا والجواد والهادي والعسكري ، حتى تصل إلى (الإمام الثاني عشر : محمد بن الحسن العسكري)

11- نفي إمامة ومهدوية محمد بن علي الهادي . التي قال بها قسم من الشيعة الإمامة في ذلك الزمان وهم (المحمدية) الذين رفضوا كالاسماعيلية الاعتراف بوفاته في حياة أبيه وأصروا على القول بحياته وغيبته ومهدويته ، وذلك اعتمادا على وصية أبيه إليه . وقد اعتمد الشيخ الطوسي في :(الغيبة) في إبطال هذا القول على موت السيد محمد، الظاهر ، واعتبر إنكاره إنكارا للضروريات.

12 - إثبات إمامة الحسن العسكري ، ونفي مهدويته ، حيث كان ذلك عملا مهما على طريق إثبات الإمامة والمهدوية لابنه محمد. وقد توقف الشيخ الطوسي في :(الغيبة) عند هذه النقطة ملياً ، وجاء بعدة روايات عن الإمام الهادي يثبت فيها الإمامة والوصية للعسكري . ونقل حديثا يتضمن حدوث البداء لله في إمامة محمد بن علي ونقلها إلى أخيه الحسن العسكري .

واعتمد الطوسي في عملية إثبات إمامة العسكري على مجموعة من (المعاجز) التي رواها أبو هاشم الجعفري ، والتي تدور حول محور (علم الإمام بالغيب) .

وكان لا بد من إثبات وفاة الإمام العسكري اعتمادا على الظاهر ، ونفي مهدويته وغيبته ، وتأويل الأحاديث التي تدعي القيام بعد الوفاة ، وذلك لقطع الطريق على الذين قالوا بغيبة الإمام الحسن ومهدويته .

13- نفي إمامة جعفر بن علي الهادي .

وقد اعتمدت هذه العملية على إسقاطه من أهلية الإمامة فضلا عن المهدوية ، وذلك باتهامه بشرب الخمر والفسق والفجور والكذب .

واعتمد الشيخ الطوسي في مناقشة الشيعة الإمامة

الفطحية الذين قالوا بإمامة جعفر بن علي بعد وفاة أخيه الحسن العسكري ، على مبدأ الوراثة العمودية في الإمامة واستمرارها في الأعقاب وأعقاب الأعقاب أبدا إلى يوم القيامة ، وعدم جواز انتقالها إلى الاخوة أو أبناء العم .

14- ضرورة استمرار الإمامة إلى يوم القيامة