- مجلس شورى المجاهدين:
خلال سعيه الحثيث لتوحيد صف المجاهدين في العراق، شكل الشيخ الزرقاوي رحمه الله "مجلس شورى المجاهدين"، وكان تنظيم القاعدة عموده الفقري.
وكان الشيخ رحمه الله ينوي -فور اطمئنانه على ساحة العراق- الانتقال إلى الشام لإكمال المشوار الذي جاء من أجله أساسًا، ونذكر في هذا السياق أنه أسس فرعًا للتنظيم في الشام وأغدق عليه الأموال، ثم حصلت بعض الخلافات التي لا مجال لذكرها الآن.
كما أسس فرعًا في الأردن، وقام بعدد من العمليات، كان منها عملية فنادق عمان التي قُتل فيها بعض الأبرياء فاستغلتها الحكومة الأردنية استغلالاً رهيبًا خبيثًا -رغم اعتذار الشيخ- فتوقف العمل وسُجن العديد من المجاهدين، وعلى رأسهم الشيخ عزمي الجيوسي فك الله أسره، وكذا زياد الكربولي وساجدة الريشاوي اللذين تظاهر الخوارج "جماعة الدولة" بفك أسرهم مقابل الطيار الأردني "معاذ الكساسبة"، ثم أعدموه، ما حدا بالحكومة الأردنية المجرمة أن تعدمهما -تقبلهما الله-.
وقد كان الشيخ الزرقاوي رحمه الله يمنع القيام بأية أعمالٍ جهادية في سوريا الشام، نظرًا لأن الشام كانت متنفسًا للمجاهدين في العراق، كما هو الحال اليوم بالنسبة لتركيا.
وبعد تشكيل مجلس شورى المجاهدين بوقت قريب استشهد الشيخ أبو مصعب الزرقاوي تقبله الله.
- إعلان دولة العراق الإسلامية:
بعد استشهاد الشيخ الزرقاوي رحمه الله أُعلن عن قيام دولة العراق الإسلامية 2006.
وبمعزل عن الملابسات الكثيرة التي تحفُّ بهذا الإعلان، فإن هذا الإعلان تم دون علم مسبقٍ من قيادة تنظيم قاعدة الجهاد في خراسان "الشيخ أسامة ومجلس شوراه"، وإنما أقروها اجتهادًا منهم في درء الفتن.
كما أن هذا الإعلان لا يعني عدم تبعية هذا الكيان الجديد لتنظيم القاعدة الأم، فصحيح أن فرع القاعدة في العراق بقيادة "أبي أيوب المصري .. أبي حمزة المهاجر رحمه الله" كان قد بايع الشيخ أبا عمر البغدادي رحمه الله أمير دولة العراق الإسلامية، إلا أنه من المؤكد أن الشيخ البغدادي أبا عمر رحمه الله كانت في عنقه بيعة للشيخ أسامة رحمه الله. وبذلك يكون كيان دولة العراق الإسلامية فرعًا تابعًا لتنظيم قاعدة الجهاد.
وهذا يعني أن المشايخ (الشيخ أسامة والدكتور أيمن ومن معهم) كانوا يتعاملون معها بصفتها فرعًا تابعًا لهم وليس بصفتها دولة، ولو كانوا يعتبرونها دولة، لما جاز لدولة أن تبايع تنظيمًا.
- مشروع الصحوات:
بعد أن استنزفت أمريكا بشكل قوي اقتصاديًّا وعسكريًّا في كلٍّ من العراق وأفغانستان قررت الانسحاب من العراق، ولم تجد خيرًا من الرافضة فسلمتهم العراق لعلمها بأن إيران والرافضة -وإن كانت لها