أما الخلافة كنظام حكم، فإن الآية الكريمة لا تنظمها ولا تشير إليها، وإنما مرجعها إلى نص قرآني آخر هو قوله تعالى: ﴿وَأَمْرُهُمْ شُورَى بَيْنَهُمْ﴾ الشورى 38، وإلى نص نبوي صحيح هو حديث " الخلافة على منهاج النبوة ". وقد تضمن الإشارة إلى شكل النظام وجوهره؛ فالشكل هو " الاستخلاف الجماعي " لأجيال الأمة، أي تعاقبها على تسيير أمرها، واعتبار رجال الإدارة من القمة إلى القاعدة مجرد نواب أو وكلاء ـ خلفاء ـ في تنفيذ القرارات؛ والمضمون هو ما عُبِّر عنه بـ " منهاج النبوة ". وهذا المنهاج هو الذي شرحه قول الله تعالى: ﴿وَأَمْرُهُمْ شُورَى بَيْنَهُمْ﴾ الشورى 38، وبيّنته السنة العملية التي جعلت الكافة مسلطين على أمرهم تقريرا وتنفيذا ومحاسبة وانتفاعا.